A Universidade Pública Federal - UFPOL é bastante tradicional no município, atraindo tanto estudantes residentes de POLIS, como também de outras cidades da região metropolitana, e até de outros estados. Oferece 100 vagas por ano, com duas entradas de 50 estudantes, em cada um dos cursos da saúde: Medicina, Enfermagem, Fisioterapia, Terapia Ocupacional, Nutrição, Biomedicina, Psicologia, Odontologia, Farmácia, Fonoaudiologia e Educação Física. O curso de medicina é o mais antigo e foi criado junto com a fundação da universidade, em 1960.

Em 2003, houve uma reforma curricular com redistribuição de conteúdos e carga horária considerando as Diretrizes Curriculares Nacionais para o curso de Medicina. A avaliação do desempenho do estudante é baseada na norma referência, com a utilização de notas. A universidade participa do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior – SINAES. Nas últimas avaliações, os cursos da saúde obtiveram conceitos 4 e 5.

Os cursos de Medicina, Enfermagem e Odontologia participam de programas de reorientação da formação profissional do Ministério da saúde: Pró-Saúde e Pet-Saúde. A participação dos cursos nestes programas teve como resultado o aumento da produção científica na IES e maior número de egressos atuando nas equipes de saúde da família. Os estudantes de todos os cursos fazem estágio na rede de serviços do SUS. Nas UBS, acompanham as equipes de saúde da família e, nos NASF, as equipes apoiadoras. Por ocasião de um surto de sarampo recente, os alunos participaram da vacinação de bloqueio em alguns bairros, juntamente com as equipes de saúde da família. Nos serviços da rede municipal e em algumas atividades do Hospital Universitário, os alunos são acompanhados por preceptores. A remuneração dos preceptores não foi efetivada devido a exigências contratuais do regimento da UFPOL.

O corpo docente é formado eminentemente por professores titulados com doutorado. A universidade tem um hospital de ensino próprio o Hospital Universitário Estagira, que oferece 180 vagas de residência médica, 50 de residência de enfermagem e 10 em residência multiprofissional, e faz a gestão do Hospital Abdera, sob sua tutela desde a federalização em 2001, com 200 vagas de residência médica, 40 de residência de enfermagem e 30 em residência multiprofissional.